Jon Mikel Magunagoitia 22 urteko jokalaria harrobi urdinean hezi zen, baina jubenil garaian SD Eibarrek fitxau eban. 2018-19 denboraldian, oraindik jubenila zala, lagata bueltau zan lehen talde zornotzarrean jokatzeko. Denporaldi horretan Bigarren B Mailako liga txapelketako 14 partidatan defendatu eban urdinen atea, geldiketa bikainak eginez. Hori dala eta, klub armaginak atezaina berreskuratzea erabagi eban neguko merkaduan, bere bigarren taldean, CD Vitorian, jokatzeko. Han beste 12 neurketa jokatu zituen Bigarren B Mailan denporaldi horretan.
Eibarren egon zan bitartean, atezain zornotzarra lehen taldeko hainbat deialditan sartu zan eta hirugarren atezainaren rola izan eban, baina ez eban debuta egin norgehiagoka ofizialean. Pasadan udan eman eutson amaierea Eibarko etapari eta Zamora CF taldeak fitxatu eban Primera RFEF kategorian lehiatzeko. Denboraldia titular gisa hasi eban, baina zazpigarren jardunaldian belaunean izandako lesio larri batek zelaietatik atera zuen zazpi hilabetez. Errekuperatu ondoren, eskularruak jantzi zituen berriro ligako azken partidan. Orain eta uztailetik, Jon Mikel SD Amorebietako atezaina da. Beragaz hainbat kontuetaz egin dogu berba; denporaldi hasierea, taldean dagoan giroa… etab.
